Además de la sede central, sita en la Ciudad Autónoma de Buenos Aires, la Fundación INECO cuenta con la filial de Rosario.
La filial nace a partir de la llegada de INECO a la ciudad santafesina, en alianza con otro gran referente en el área de salud: el Grupo Oroño. De este esfuerzo conjunto surge un servicio integral capacitado para brindar la atención interdisciplinaria más avanzada e innovadora: INECO Neurociencias Oroño. De esta iniciativa surgiría luego la Fundación INECO Rosario.